Infektionskrankheiten werden durch Viren, Bakterien oder Pilze hervorgerufen. Deren Verlauf und Prognose hängt stark davon ab, wie gut das Immunsystem den Erreger erkennen und beseitigen kann. Für viele Infektionskrankheiten existieren spezifische Wirkstoffe, z.B. Antibiotika. Allerdings hat die Zunahme von Resistenzen gegen bestehende Wirkstoffe Infektionskrankheiten wieder zu einer globalen Bedrohung katapultiert. Schließlich können Infektionskrankheiten nicht nur bei Menschen, sondern auch bei Tieren und Pflanzen auftreten, was eine zusätzliche sozioökonomische Belastung darstellt.

Der BioHealth-Forschungsbereich „Infektionskrankheiten“ befasst sich vor allem mit den molekularen Mechanismen der Kommunikation zwischen Wirt und Erregern, Resistenzmechanismen sowie mit der Entdeckung neuer Wirkstoffe gegen diese Erreger. Bei der Erforschung bakterieller Krankheitserreger liegt in BioHealth ein Schwerpunkt auf den Bakterien des menschlichen Gastrointestinal-Trakts und den damit assoziierten Erkrankungen. Wichtige Modellorganismen sind Vibrio cholerae (Erreger der sekretorischen Durchfallerkrankung Cholera), Klebsiella oxytoca (verantwortlich für Antibiotika-assoziierten hämorrhagischen Durchfall), pathogene Escherichia coli (Auslöser von Darm- und Harnwegsinfekten) und Campylobacter ssp. (Erreger von entzündlichen Durchfallerkrankung). Zudem wird auch an schwer therapierbaren Krankenhauserregern des "ESKAPE" Panels erforscht. Bei der Erforschung von Pilzpathogenen liegt der Schwerpunkt auf der Identifizierung neuartiger Antimykotika und ihrer mechanistischen Charakterisierung, hauptsächlich anhand von Studien mit Candida albicans und Candida glabrata.

Die Abkürzung ESKAPE beinhaltet die Namen von sechs hoch virulenten bakteriellen Pathogenen: Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa und Enterobacter-Spezies. Sie bilden häufig eine Multiresistenz aus und lösen nosokomiale Infektionen aus, d.h. Infektionen, die im Zuge eines Aufenthalts oder einer Behandlung in einem Krankenhaus oder einer Pflegeeinrichtung auftreten.

• Anpassungsstrategien von Bakterien an wechselnde Umweltbedingungen.    
• Verteidigungsmechanismen von bakteriellen Erregern gegen das menschliche Immunsystem.
• Resistenzmechanismen gegen herkömmliche Antibiotika
• Übertragung von Resistenz- und Virulenzgenen über bakterielle Konjugation
• Kommunikation und genetischer Austausch zwischen Bakterien.    
• Einfluss des Darmmikrobioms auf Gesundheit und Erkrankung.    
• Die Rolle von mikrobiellen Effektoren, die im Darm freigesetzt werden, um menschliche Körperzellen oder andere Darmbakterien (Darmmikrobiom) zu modulieren.
• Charakterisierung neuer Impfstoffkandidaten.
• Screening von Naturstoffen auf neue Antimykotika, sowie ihre präklinische in vivo-Validierung und die Klärung ihrer Wirkungsweise.
• Der regulierte Zelltod in pathogenen Pilzen.
• Inhibierung von Lipasen aus humanpathogenen Bakterien (z.B. M. tuberculosis)